?
ИСТОРИЯ И ПЕРСПЕКТИВЫ АТОМИСТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ПОЛИСАХАРИДОВ
Представлены история и перспективы развития потенциалов межатомного взаимодействия для моделирования молекулярных систем и, в частности, полисахаридов. Рассмотрены популярные семейства потенциалов, такие как CHARMM, GROMOS, AMBER и OPLS. Обозначены проблемы применимости данных моделей для мономеров сахаров: плохая воспроизводимость экспериментальных свойств и гиперагрегация при малых концентрациях. Также рассмотрены векторы развития данной области: модификация невалентных взаимодействий в потенциале и использование поляризуемых потенциалов. Продемонстрированы примеры применения атомистического моделирования полисахаридов в актуальных фундаментальных и промышленных задачах на примере целлюлозы. Приведены важные вычислительные работы, внесшие существенный вклад в понима- ние структуры и процессов, происходящих в кристалле целлюлозы. Кроме того, дан обзор доступ- ных на сегодня масштабов времен и характерных размеров систем для моделирования в пакетах GROMACS, LAMMPS, OpenMM и AMBER для модели раствора сахарозы.