ИСТОРИЯ И ПЕРСПЕКТИВЫ АТОМИСТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ПОЛИСАХАРИДОВ

Дещеня В. И.; Н. Д. Кондратюк

doi:10.31857/S2308114723700231

Публикации

?

ИСТОРИЯ И ПЕРСПЕКТИВЫ АТОМИСТИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ ПОЛИСАХАРИДОВ

Высокомолекулярные соединения. Серия С. 2023. Т. 65. № 1. С. 91–109.

Дещеня В. И., Кондратюк Н. Д.

Представлены история и перспективы развития потенциалов межатомного взаимодействия для моделирования молекулярных систем и, в частности, полисахаридов. Рассмотрены популярные семейства потенциалов, такие как CHARMM, GROMOS, AMBER и OPLS. Обозначены проблемы применимости данных моделей для мономеров сахаров: плохая воспроизводимость экспериментальных свойств и гиперагрегация при малых концентрациях. Также рассмотрены векторы развития данной области: модификация невалентных взаимодействий в потенциале и использование поляризуемых потенциалов. Продемонстрированы примеры применения атомистического моделирования полисахаридов в актуальных фундаментальных и промышленных задачах на примере целлюлозы. Приведены важные вычислительные работы, внесшие существенный вклад в понима- ние структуры и процессов, происходящих в кристалле целлюлозы. Кроме того, дан обзор доступ- ных на сегодня масштабов времен и характерных размеров систем для моделирования в пакетах GROMACS, LAMMPS, OpenMM и AMBER для модели раствора сахарозы.

Научное направление: Физика Компьютерные науки

Язык: русский

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: потенциал взаимодействия частиц вязкость классическая молекулярная динамика полисахариды

When universal machine learning models fail in capacitance prediction for carbon-based supercapacitors: Leakage-aware validation and electrolyte screening

Makarov D. M., Каликин Н. Н., Fashchevsky K. A. и др., Electrochimica Acta 2026 Vol. 579 Article 150159

Добавлено: 13 октября 2026 г.

LiteKV: A KV cache compression method for efficient inference on resource-constrained devices

Zhang Z., Ильвовский Д. А., Information Processing and Management 2026 Vol. 63 No. 7

Добавлено: 13 октября 2026 г.

No Species Is an Island, Entire of Itself: Genetic Speciation Algorithm with Interplay among Species

International Journal of Engineering, Transactions B: Applications 2027 Vol. 40 No. 5 P. 1437–1460

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Ranging Precision Comparison of Direct and Non-Line-of-Sight LiDAR Systems Based on SNSPD

Махлуф М., Ожегов Р. В., Елезов М. С. и др., Фотоника 2026 Vol. 20 No. 6 P. 414–423

В данной работе проведено сравнение точности дальнометрии лидарных архитектур прямого времени пролёта (dToF) и вне прямой видимости (NLOS), обе из которых используют сверхпроводящий нанопроволочный детектор одиночных фотонов (SNSPD). Обе системы работают на длине волны 1550 нм с импульсным лазером длительностью 50 пс и методом коррелированного во времени счёта одиночных фотонов (TCSPC). Конфигурация dToF обеспечила точность около 100 мкм ...

Добавлено: 12 октября 2026 г.

JavaCapsule: Итеративная генерация и отладка Java-кода на основе структурированной обратной связи

Александров Д. В., Василевский В. И., Резуник Л. и др., Труды Института системного программирования РАН 2026 Т. 38 № 5 С. 73–90

Ограничения при выполнении задач, требующих точного извлечения информации из сверхдлинных последовательностей, приводят к снижению качества генерации и отладки кода крупных объектно-ориентированных систем, характеризующихся сложными межклассовыми зависимостями и необходимостью анализа длинных трассировок выполнения, превышающих размеры стандартных контекстных окон. Предлагается технология JavaCapsule для генерации и отладки Java-кода, реализующая итеративную отладку на основе структурированной обратной связи, включающей результаты ...

Добавлено: 12 октября 2026 г.

Proceedings of the 34th IUPAP Conference on Computational Physics: CCP2023, August 4-8, Kobe, Japan

Singapore: Springer Singapore, 2026.

Добавлено: 12 октября 2026 г.

РАЗРАБОТКА МЕТОДА И АЛГОРИТМОВ АДАПТИВНОГО ФЕДЕРАТИВНОГО ОБУЧЕНИЯ С УЧЕТОМ РАСПРЕДЕЛЕННОГО ЗАПАЗДЫВАНИЯ КЛИЕНТСКИХ ОБНОВЛЕНИЙ

Зыков С. В., Ермаков С. Р., Современные наукоемкие технологии 2026 № 9 С. 43–53

При федеративном обучении с неоднородными клиентскими данными и переменными задержками запоздавшие обновления могут ухудшать качество модели, а обмен параметрами с глобальным сервером увеличивает сетевую нагрузку. Целью исследования является разработка и теоретико-экспериментальное обоснование метода и алгоритмов адаптивного федеративного обучения с учетом распределенного запаздывания клиентских обновлений. Для обоснования разрабатываемых решений использованы событийная и непрерывная модели градиентных обновлений, ...

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Effect of External Pressure and Quantum State on the Local Magnetization of Germanium Layers: Ab Initio Calculation.

Goncharov A., Чибисов А. Н., Advanced Theory and Simulations 2023 Vol. 12 No. 13 Article 2200816

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Quantum-mechanical study of the optimal phosphorus atoms arrangement on silicene.

Чибисов А. Н., Gnidenko A., Chibisova M. и др., FlatChem 2023 Vol. 41 Article 100533

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Density functional theory investigation on fast storage of sodium and potassium in Ni2TeO6 as a novel promising cathode material.

Wu Z., Yu Y., Чибисов А. Н., Materials Today Energy 2023 Vol. 37 Article 101414

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Ab Initio Study of the Influence of Spin and Orbital Magnetic Moments on the Stability of Magnetic and Charge Distribution in Co:ZnO Monolayer.

Prokhorenko A., Чибисов А. Н., Gnidenko A. и др., The Journal of Physical Chemistry Letters 2024 Vol. 15 No. 41 P. 10295–10300

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Quantum-mechanical prediction of the behavior of quantum trigger on a two-qubit cell of boron in silicene.

Чибисов А. Н., Chibisova M., Modern Electronic Materials 2025 Vol. 71 P. 99–103

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Functionalized Graphene for Acetone Sensing in Human Breath: DFT Investigations.

Tyagi V., Srivastava A., Mangal A. и др., Surfaces and Interfaces 2025 Vol. 73 Article 107591

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Effect of the Ordering of Sulfur Vacancies on the Electronic Properties of Molibdenum Disulfide Monolayers

Bulakh S., Чибисов А. Н., Srivastava A., Russian Microelectronics 2026 Vol. 55 P. 311–315

Добавлено: 11 октября 2026 г.

Nanoscale interconnects of gold, copper, and aluminium-based mono-silicide nanotubes for next generation integrated circuits.

Vangapandu E., Agrawal S., Kumar S. и др., Materials Science in Semiconductor Processing 2026 Vol. 211 Article 110752

Добавлено: 10 октября 2026 г.

О воспроизводимости анализа временных рядов на основе матричных профилей

Брычков М. Е., Незнанов А.А., Программирование 2026 № 4 С. 50–66

Матричный профиль (МП) при появлении в 2016 г. быстро стал одним из важнейших методов предобработки, облегчающим решение широкого класса задач анализа временных рядов, в частности, задач обнаружения аномалий и шаблонов. Высокая значимость привела к появлению разнообразных инструментов вычисления МП, но оказалось, что особенности реализации методов существенно влияют на результаты, которые перестают быть идентичными. Встает вопрос, ...

Добавлено: 9 октября 2026 г.

Человеко-машинная система анализа и улучшения качества условий проживания населения

Алескеров Ф. Т., Вайншток А. П., Делахова А. М. и др., Информационные процессы 2026 Т. 26 № 3 С. 895–913

Проблемы развития и эффективного управления территориальными образованиями являются приоритетными для всех государств, особенно в условиях цифровой трансформации государственного управления. За последнее десятилетие интеграция информационных технологий в муниципальное и региональное планирование существенно изменила подходы к стратегическому развитию, предоставлению услуг и взаимодействию с населением. В данной работе представлено описание функциональности человеко-машинной вебсистемы поддержки принятия решений, в которой ...

Добавлено: 9 октября 2026 г.

Bridging experiment and molecular dynamics: Mefenamic acid confinement in nanocrystalline cellulose aerogels under scCO2 conditions

D.L. Gurina, Fashchevsky K. A., Oparin R. D. и др., Surfaces and Interfaces 2026 Vol. 98 Article 110545

Добавлено: 8 сентября 2026 г.

From solvation to sorption: a comprehensive molecular dynamics study of mefenamic acid conformer behavior in pure scCO2 and scCO2/cellobiose systems

Гурина Д. Л., Fashchevsky K. A., Будков Ю. А. и др., Journal of Molecular Liquids 2026 Vol. 448 Article 129401

Добавлено: 25 февраля 2026 г.

Long-range spatial velocity statistics in a rotating coherent turbulent vortex

Leon L. Ogorodnikov, Sergey S. Vergeles, Physical Review Fluids 2025 Vol. 10 No. 12 Article 124702

Добавлено: 24 февраля 2026 г.

Molecular-scale origin of extreme disjoining pressure in water confined in carbon and silica nanopores

Ekaterina G. Odintsova, Darya L. Gurina, Yury A. Budkov, Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2026 Vol. 736 Article 139693

Добавлено: 24 января 2026 г.

How water reverse micelles solubilize polyphenols: An all-atom simulation perspective

Гурина Д. Л., Будков Ю. А., Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2026 Vol. 733 Article 139276

Добавлено: 17 декабря 2025 г.

Влияние состава на вязкость растворов и структуру высокопористых композиционных материалов альгинат–поливинилпирролидон– карбонатгидроксиапатит

Гречишникова А. А., Трофимчук Е. С., Егоров А. А. и др., Перспективные материалы 2025 № 11 С. 17–28

Получены композиционные гели на основе поливинилпирролидона (ПВП) и альгината (Алг) с карбонатгидроксиапатитом (КГА). Измерена их кинематическая и динамическая вязкости. Показано, что введение в полимер КГА в количестве до 40 масс. % приводит к снижению кинематической вязкости, а введение 50 масс. % КГА значительно ее повышает. Зависимость динамической вязкости гелей ПВП с Алг 1:1 и композиционных ...

Добавлено: 26 ноября 2025 г.

A fluctuation theory of liquid-phase solutions: Shear viscosity

Yury A. Budkov, Nikolai N. Kalikin, Petr E. Brandyshev, Journal of Chemical Physics 2025 Vol. 163 No. 2 Article 024502

Добавлено: 8 июля 2025 г.