Использование программы PARCA для глобального выравнивания аминокислотных последовательностей

Информационные процессы. 2011. Т. 11. № 4. С. 510–519.

Поверенная И. В., Ройтберг М. А., Яковлев В. В.

Наиболее точным из широко используемых в настоящее время алгоритмов глобального выравнивания последовательностей является алгоритм Смита-Ватермана. Однако, в случае выравнивания слабогомологичных последовательностей, даже этот метод не дает хороших результатов. Ранее мы предложили новый подход к задаче глобального выравнивания и на модельных выравниваниях продемонстрировали, что, как правило, он строит выравнивания более близкие к эталонным, чем выравнивания Смита-Ватермана. В настоящей работе мы сравниваем работу нашего алгоритма и алгоритма Смита-Ватермана, используя базу эталонных выравниваний реальных белков PREFAB-P; выравнивания в этой базе получены наложением пространственных структур белков. Результаты сравнения подтверждают преимущества предложенного подхода по сравнению с алгоритмом Смита-Ватермана.

Ключевые слова: алгоритм Смита-Ватермана, глобальное выравнивание последовательностей, белки PREFAB-P, пространственные структуры белков