Производительность современных вычислительных платформ при обработке данных расчетов молекулярной динамики мембранных и белок-мембранных систем

Труды НИИСИ РАН. 2018. Т. 8. № 6. С. 74–78.

Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Телегин П. Н., Ефремов Р. Г., Шабанов Б. М.

Проведено исследование производительности 2-х алгоритмов обработки результатов
молекулярной динамики (МД): расчета радиальной функции распределения (RDF) и расчета энергии на
современных вычислительных платформах. Показано, что оба алгоритма эффективно распараллеливаются
как на системах с общей памятью, так и на кластерах с распределенной памятью. Для обработки результатов
МД систем среднего размера эффективность распараллеливания расчета RDF близка к 1 в диапазоне до 100
ядер, а при расчете энергии ‒ до 500 ядер. Показано, что при расчете энергии при небольшом числе ядер выгоднее использовать параллелизацию по индексам атомов, а при большом числе ядер - по объему

Ключевые слова: параллельные вычисления, молекулярная динамика, MPI technology, высокопроизводительные вычислительные системы, parallel calculations, High-Performance Computing (HPC), MPI, OpenMP, OpenMP, molecular dynamics