?
Молекулярное моделирование биомембран и их комплексов с трансмембранными α-спиралями белков
С. 108-109.
Методом молекулярной динамики (МД) проведен компьютерный анализ структурно-динамических параметров ряда трансмембранных (ТМ) α-спиральных сегментов белков, встроенных в гидратированные липидные бислои различного химического состава. В качестве объектов исследования выбраны мономеры ТМ спиралей нескольких рецепторных тирозинкиназ, отвечающих за клеточную сигнализацию, а также образуемые ими гомо- и гетеро-димеры. Установлено, что в ходе МД все типы ТМ-спиралей в целом сохраняют свою структуру независимо от мембранного окружения, причем наблюдается взаимная адаптация пептидов и мембранной среды.
Язык:
русский
Ключевые слова: cell membranesклеточные мембраныprotein-membrane interactionsбелок-мембранные взаимодействияmembrane proteinsмембранные белки
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
В книге
Якутск : Северо-Восточный федеральный университет им. М.К. Аммосова, 2017
Dolgoprudni : MIPT, 2018
The International Conference “BIOMEMBRANES 2018” was held at Moscow Institute of Physics and Technology (MIPT), Russia, Dolgoprudny on October 1st - 5th, 2018. A major goal of this conference is to provide up-to-date information about research on biomembranes and to consolidate cross-disciplinary international scientific efforts in this field. The speacers focused on cutting-edge problems of ...
Добавлено: 23 октября 2018 г.
Bragin P. E., Kuznetsov A.S., Bocharova O. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2018 Vol. 1860 No. 12 P. 2486-2498
Добавлено: 25 сентября 2018 г.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., В кн. : Актуальные вопросы биологической физики и химии. БФФХ-2017: материалы XII международной научно-технической конференции, г. Севастополь, 2-6 октября 2017 г. : Севастополь : Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Севастопольский государственный университет", 2017. С. 313-317.
Трансмембранные домены большинства мембранных белков представляют собой отдельные α-спирали или их пучки. Они принимают непосредственное участие в функционировании мембранных рецепторов и ионных каналов, а также обеспечивают формирование их правильной пространственной структуры. Таким образом, спираль-спиральные взаимодействия в липидном окружении вовлечены в ключевые процессы жизнедеятельности клетки. На смену концепции мотивов димеризации, описывающей взаимодействие белков в мембране исключительно ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Maurice P., Baud S., Bocharova O. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 No. 38363 P. 1-19
Neuraminidase 1 (NEU1) is a lysosomal sialidase catalyzing the removal of terminal sialic acids from sialyloconjugates. A plasma membrane-bound NEU1 modulating a plethora of receptors by desialylation, has been consistently documented from the last ten years. Despite a growing interest of the scientific community to NEU1, its membrane organization is not understood and current structural ...
Добавлено: 15 марта 2017 г.
Volynsky P. E., Nolde D.E., Zakharova G. S. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 P. 413
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Логвенков С. А., Штейн А. А., Российский журнал биомеханики 2013 Т. 17 № 4 С. 37-46
На основе информации о структуре решения и асимптотических оценок в задаче о стационарном потоке через корень получена система приближенных алгебраических соотношений, аналогичная имеющимся компартментальным моделям. Предлагаемый метод имеет по сравнению с последними существенное преимущество, позволяя учитывать особенности анатомического строения корня и неоднородность распределения величин по его сечению. Это дает возможность сформулировать простые конечные зависимости, совпадающие ...
Добавлено: 30 января 2014 г.
Кузнецов А. С., Полянский А. А., Fleck M. и др., Journal of Chemical Theory and Computation 2015 Vol. 11 No. 9 P. 4415-4426
The cell membrane is "stuffed" with proteins, whose transmembrane (TM) helical domains spontaneously associate to form functionally active complexes. For a number of membrane receptors, a modulation of TM domains' oligomerization has been shown to contribute to the development of severe pathological states, thus calling for detailed studies of the atomistic aspects of the process. ...
Добавлено: 8 октября 2015 г.
Кузнецов А. С., Ефремов Р. Г., В кн. : Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах. : Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017. Гл. 1.1. С. 9-32.
В главе 1.1 (Кузнецов, Ефремов) рассмотрены теоретические подходы к изучению мембранных белков (МБ), которые являются важнейшим компонентом плазматической мембраны клетки. Они выполняют жизненно важные функции, а нарушения в их работе приводят к развитию патологических состояний. Изучение МБ экспериментальными методами требует особых подходов и техник, поскольку для их функционирования необходимо сохранение мембранного окружения. Поэтому несмотря на ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Natural polycationic membrane-active peptides typically lack disulfide bonds and exhibit fusion, cell-penetrating, antimicrobial activities. They are mostly unordered in solution, but adopt a helical structure, when bound to phospholipid membranes. Structurally different are cardiotoxins (or cytotoxins, СTs) from cobra venom. They are fully b-structured molecules, characterized by the three-finger fold (TFF). Affinity of CTs to ...
Добавлено: 18 марта 2014 г.
Polyansky A., Чугунов А. О., Volynsky P. и др., Bioinformatics 2014 Vol. 30 No. 6 P. 889-890
Here we present PREDDIMER, a web tool for prediction of dimer structure of transmembrane (TM) helices. PREDDIMER allows (i) reconstruction of a number of dimer structures for given sequence(s) of TM protein fragments; (ii) ranking and filtering of predicted structures according to respective values of a scoring function; (iii) visualization of predicted 3D dimer structures; ...
Добавлено: 15 мая 2014 г.
Полянский А. А., Кузнецов А. С., Volynsky P. и др., , in : Biomembranes 2018. International Conference. 1-5 October 2018. Book of Abstracts. : Dolgoprudni : MIPT, 2018. P. 89-90.
A computational approach to the analysis of structural and dynamical properties of all components of model membranes - membrane proteins, lipids, water and ions - has been developed. It is established that local changes in the membrane environment play an important role in the binding of membrane-active peptides and peripherical membrane proteins, causing specific clustering ...
Добавлено: 23 октября 2018 г.
Добавлено: 1 августа 2022 г.
Yusipovich A., Parshina E., Baizhumanov A. A. и др., Instruments and Experimental Techniques 2021 Vol. 94 No. 6 P. 877-885
Добавлено: 15 ноября 2021 г.
Добавлено: 13 ноября 2017 г.
Бочаров Э. В., Лесовой Д. М., Минеев К. С. и др., В кн. : II объединенный научный форум: VI съезд физиологов СНГ, VI съезд биохимиков России, IX российский симпозиум «Белки и пептиды» (Сочи, Дагомыс, 1–6 октября 2019). Научные труды. Т. 2.: М. : Издательство "Перо", 2019. С. 45-46.
Биологическая функция битопных мембранных белков, имеющих только один трансмембранный (ТМ) сегмент, обеспечивается сетью разнообразных межмолекулярных взаимодействий в клеточной мембране. К этому классу белков принадлежат, например, рецепторы типа I, которые принимают непосредственное участие в развитии и поддержании гомеостаза тканей организма человека. Рецепторы эпидермального фактора роста (EGFR/HER) и гормона роста (GHR) служат удобными моделями рецепторов типа I, ...
Добавлено: 2 ноября 2019 г.
Коншина А. Г., Дубовский П. В., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2021 Vol. 61 No. 1 P. 385-399
Добавлено: 24 января 2021 г.
Kiselevsky D. B., Shagdarova B. T., Varlamov V. P. и др., Moscow University Biological Sciences Bulletin 2021 Vol. 76 No. 1 P. 14-19
Добавлено: 14 октября 2022 г.