В работе предложена методика спецификации моделей стохастической производственной функции с учетом возможной зависимости случайных компонент ошибки для решения задач, связанных с ранжированием объектов по уровню технической эффективности на производственно-региональном уровне. На основе реальных данных по 80 субъектам РФ, сгруппированных по базовым характеристикам структуры ВРП, в соответствии с разработанной схемой спецификации проведен эмпирический анализ влияния возможной зависимости компонент на значения технических эффективностей регионов. Сформулированы основные типы задач, для решения которых возможно использование предпосылки о независимости случайных составляющих ошибки.