Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23

IITP RAS, 2023.

Chapters

Regulatory potential of flipons revealed by deep learning.

Poptsova M., Умеренков Д., Fedorov A. et al., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Flipons – non-B DNA conformations – have been shown to play an important role in various genomic processes. Flipons identification and localization is difficult due to their dynamic nature. We developed deep learning approaches to identify non-B DNA secondary structures using available information from thousands of omics data sets. We created DeepZ models based on CNN and RNN, and ...

Added: November 30, 2023

Консервативные Z-флипоны и ассоциированные с ними омиксные факторы, в геномах мыши и человека.

Konovalov D., Beknazarov N., Герберт А. et al., В кн.: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Разработанный нами ранее подход DeepZ [1], основанный на глубинных нейронных сетях и использующий как данные о последовательности, так и омиксные данные, был использован для генерации полногеномных аннотаций генома мыши и человека участками Z-ДНК. В данной работе мы использовали подход DeepZ для изучения консервативных Z-флипонов и консервативных транскрипционных факторов и гистоновых меток, которые обогащены Z-флипонами в обоих геномах. Мы отобрали более 500 ...

Added: December 1, 2023

Unsupervised domain adaptation methods for cross-species transfer of regulatory code signals

Pavel Latyshev, Fedor Pavlov, Herbert A. et al., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Added: December 1, 2023

Analysis of Cell Interactions between Tumour and Microenvironment

Mikhailova A., Poptsova M., Herbert A., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Added: December 1, 2023

Association of Z-RNA with QTL variants

Glimanova D., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Z-DNA and Z-RNA, or Z-flipons, have been shown to play an important role in many cellular processes. Recently the whole-genome map of Z-DNA was generated with Z-DNABERT based on transformer algorithm and trained on the experimental permanganate/S1 nuclease dataset [1]. It was demonstrated how predicted Z-flipons containing single nucleotide variants may affect Z-RNA formation and ...

Added: December 1, 2023

Глубинное обучение для выявления ассоциаций между функциональными геномными элементами

Цветкова А., В кн.: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Архитектура глубинного обучения, трансформер, отличается механизмом внимания, который позволяет проинтерпретировать вывод моделей. DNABERT – одна из таких моделей, она обучена на геноме человека, то есть в ней уже заложена информация о некоторых взаимосвязях в ДНК. Модель можно настроить для других задач путем дообучения на небольшом датасете. В ходе работы была поставлена цель – проинтерпретировать мотивы, выявленные при ...

Added: December 1, 2023

Полигенная оценка риска с помощью моделей глубинного обучения

Perelygin V., Poptsova M., Камелин А. В. et al., В кн.: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

В данной работы было показано, что использование нелинейных моделей, в частности методов глубинного обучения, может заметно улучшить полигенную оценку риска некоторых видов заболеваний, в первую очередь высоко ассоциированных с эпистазом. ...

Added: December 1, 2023

High-throughput computational design of protein binders for complex targets using deep learning models

Alekseev K., Poptsova M., Shaitan A., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Computational protein design methods has transformed structural bioinformatics by overcom- ing many experimental limitations. Previously, experimental methods such as directed evo- lution were utilized to create protein binders. Many advancements in computational protein design have made it possible to generate de novo binders solely based on target structure and sequence information. However, despite recent progress, designing de novo protein ...

Added: December 1, 2023

Detection of non-coding variants in regulatory elements in patients with early atherosclerosis based on whole genome sequencing data

Okhrimenko G., Malko D., Zateyshchikov D. et al., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Added: December 1, 2023

Программный комплекс для предсказания функциональных элементов генома методами глубинного обучения с использованием омиксных данных

Voytetsky A., Fedorov A., Боровков П. В. et al., В кн.: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Одной из важных задач геномики и молекулярной биологии состоит в предсказании расположения геномных функциональных элементов (ГФЭ), которые играют важную роль в работе и регуляции геномных и клеточных процессов, но для которых экспериментальные данных либо неполные, либо отсутствуют. Данная задача в настоящее время наиболее эффективно решается методами глубинного обучения на основе информации из доступных полногеномных экспериментов ...

Added: December 1, 2023

Biomarkers study to improve Machine Learning prediction of long-term risk of myocardial infarction, stroke, and cardiac death

K.M. Burkin, A.V. Kirdeev, Nikolaev K. Y. et al., , in: Proceedings of 11th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'23.: IITP RAS, 2023.

Added: December 1, 2023

Keywords: bioinformatics, big data in biology and medicine, computational genomics, bioinformatics algorithms, GWAS