Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России. Т. 1.

doi:10.31429/SbR6.2019.001

?

Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России

Т. 1. Krasnodar : Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019.

Editor-in-chief: А. Б. Рубин, Г. Ю. Ризниченко, А. А. Анашкина

Materials of the VI Congress of Biophysicists of Russia. The main directions of the congress: mechanisms of action of physico-chemical factors on biological systems; medical biophysics; photobiology and biophotonics; structure and dynamics of proteins and their complexes; structure and dynamics of nucleic acids and their complexes; cell biophysics; membrane processes; biological mobility; molecular motors; energy transformation mechanisms; biophysics of single molecules; nanobiotechnology; neurodynamics and neurobiology; biophysical education

Путешествия в «аномальные зоны» клетки с помощью вычислительной биофизики

Efremov R., В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков РоссииТ. 1.: Краснодар: Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. С. 16–17.

Появившиеся в распоряжении исследователей модели пространственной структуры высокого разрешения сложных надмолекулярных белок-мембранных и др. систем, наряду с результатами их атомистического компьютерного моделирования, выявили существование целого ряда своеобразных «аномальных зон» в таких объектах. В настоящей работе на основании результатов вычислительныхэкспериментов проведен анализ физико-химических и динамических свойств молекулярных систем в указанных областях. Показано, что свойства последних могут ...

Added: November 1, 2019

Механизм встраивания мембрано-активного цитотоксина в липидный бислой: моделирование in silico

Коншина А. Г., Krylov N., Efremov R., В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков РоссииТ. 1.: Краснодар: Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. С. 160–161.

Изучение влияния мембранногоокруженияна работу различныхбелок-мембранныхкомплексов (трансмембранных каналов, рецепторов) являетсяодним из актуальныхнаправленийсовременнойструктурнойбиологии. Изменения в структурных параметрах бислоя, в частности,локальные возмущения геометрии, подвижности липидов при встраивании небольших мембрано-активных полипептидовмогут представлять особый интерес с точки зренияконтролируемого изменения активности рецепторных систем клетки. Подобная модуляция активности показана экспериментальнона клетках, обработанных цитотоксинами[1].Однако получить детальную информацию о механизме встраивания пептида-модулятора и локальных ...

Added: November 1, 2019

Роль мембранного окружения в процессе димеризации трансмембранных сегментов рецепторных тирозинкиназ семейства ErbB

Kuznetsov A., Efremov R., В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков РоссииТ. 1.: Краснодар: Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. С. 165–165.

Рецепторные тирозинкиназы семейства ErbB —это белки, играющие ключевую роль в процессахделения и дифференцировки клеток. Их природными лигандами являются различные гормоны и факторы роста. В то же время, выявлен ряд мутаций, приводящий к спонтанной активации рецепторов ErbB и развитию патологических состояний организма. В частности, рецептор ErbB2 также известен как Neu-онкоген, поскольку для многих видов рака выявлен ...

Added: November 1, 2019

Фармакофорная модель распознавания низином липида II в бактериальной мембране

Panina I., Chugunov A., Krylov N. et al., В кн.: Сборник научных трудов VI съезда биофизиков РоссииТ. 1.: Краснодар: Полиграфическое объединение «Плехановец», 2019. С. 83–84.

Устойчивость микроорганизмов к применяемым в клинической практике антибиотикам является серьезной проблемой медицины во всем мире. В связи с этим одной из актуальных задач современной фармакологии является поиск или дизайн новых антибактериальных веществ, свободных от бремени резистентности. Перспективными кандидатами для разработки новых лекарств являются антимикробные пептиды (АМП). Среди всего разнообразия АМП особое внимание привлекают пептиды, мишенью ...

Added: November 1, 2019

Research target: Biology Physics

Language: Russian

DOI

Text on another site

Keywords: биофизика molecular biology молекулярная биология Biophysics

Сборник научных трудов VI съезда биофизиков России

Interaction-limited conductivity of twisted bilayer graphene revealed by giant terahertz photoresistance

Shilov A. L., Elesin L., Kravtsov M. et al., Nature Communications 2026 Vol. 17 No. 1 Article 9734

Identifying the microscopic processes limiting conductivity is essential for understanding correlated quantum materials. In twisted bilayer graphene, metallic resistivity follows ρ ~ Tα with widely varying α, fueling competing interpretations from phonon-limited transport and umklapp scattering to strange metallicity and heavy-fermion renormalization. Here, we use terahertz excitation to selectively heat electrons while keeping the lattice cold, separating ...

Added: September 20, 2026

Drift Towards Isotropization during the 3D Hydrodynamic Turbulence Onset

Копьев А., JETP Letters 2026 Vol. 123 No. 5 P. 310–316

The incompressible three-dimensional Euler equations develop very thin pancake-like regions of exponen tially increasing vorticity. The characteristic thickness of such regions decreases exponentially with time, while the other two dimensions do not change considerably, making the flow near each pancake strongly anisotropic. The pancakes emerge in increasing number with time, which may enhance the anisotropy ...

Added: September 18, 2026

Peptide language pragmatic analysis and two-stage hierarchical learning framework for therapeutic peptide prediction

Shaitan A., Ke Y., Shutao C. et al., BMC Biology 2026 No. 24 Article 181

Background Therapeutic peptides exert pivotal effects in diverse biological processes, and have attracted significant interest in the field of biomedicine in recent years. However, most existing methods often fail to adequately capture the intricate interactions among amino acid residues and the contextual dependencies within peptide sequences, which hampers the extraction of deep semantic representations and ...

Added: September 18, 2026

Structural properties of cyanobiphenyl nematics doped with gold nanoparticles: The result of MD simulations

Захаров А. В., Düven H., Capar M. I., Physics Letters A 2026 No. 576 Article 131388

Molecular dynamics simulations were carried out to study the structural properties of nematic pentyl cyanobiphenyl (5CB) and pentyloxy cyanobiphenyl (5OCB) liquid crystals (LCs) doped with gold nanoparti cles (GNPs) of different numbers, shapes and sizes. The spherical GNPs of two different radii and rod-like have been doped in 5CB and 5OCB cyanobiphenyl liquid crystals. In order to describe ...

Added: September 17, 2026

A functional systems view on neural tracking of natural speech

Anton Rogachev, Sysoeva O., Frontiers in Systems Neuroscience 2025 Vol. 19 Article 1658243

Added: September 17, 2026

Neural tracking of natural speech in children in relation to their receptive speech abilities

Rogachev A.O., Sysoeva O. V., Cognitive Systems Research 2024 Vol. 86 Article 101236

Receptive speech is the ability to understand speech addressed to a person. It is a crucial process for a child’s cognitive development. We examine the relationship between receptive speech and neural tracking of natural speech in 52 children aged 3–8 years to infer the neurophysiological mechanisms underlying speech development. We registered a 32-channel electroencephalogram (EEG) ...

Added: September 17, 2026

The Effect of the Gate Material in MIS Structures on the High-Field Charge Degradation in the Gate Dielectric

Andreev D. V., Kornev S. A., Bondarenko G.G. et al., Inorganic Materials: Applied Research 2026 Vol. 17 No. 5 P. 1226–1230

Comparative studies are carried out to investigate high-field charge degradation effects in the gate dielectric of metal—insulator—semiconductor (MIS) structures with aluminum and polysilicon gates. Charging phenomena in MIS structures are explored using high-field electron injection into the dielectric under conditions of gradually increasing voltage current density, with periodic short-term switching to a measurement mode at a constant low injection ...

Added: September 15, 2026

Vague stimulating ideas, images and metaphors in scientific thinking: researchers' work with horizons of unclear knowledge

Poddiakov A., / Series Social Science Research Network "Social Science Research Network". 2026. No. 7437658.

Clarity of knowledge and reasoning is necessary in many cases. Yet vagueness in scientific thinking related to surprise, curiosity, "ability to engage with not-knowing" (de Freitas) and abductive reasoning is also a crucially important source of scientific creativity which supplements combinatorial logic when dealing with the already known. Starting from studies by C. S. Peirce ...

Added: September 15, 2026

Water confined in heterogeneous clay–quartz pores: Structure and dynamics from atomistic simulations

Glushak A., Tararushkin E., Smirnov G., Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects 2027 Vol. 752 Article 141756

The molecular-scale behavior of water in heterogeneous clay–quartz systems is critical for understanding cementation processes in natural soils and compacted bentonite, which is crucial for oil recovery and nuclear waste disposal barriers construction. Here we investigate how heterogeneity of mixed Na-montmorillonite and α-quartz surfaces affect water structure and dynamics in nanopores of 2.5 to 60 Å ...

Added: September 15, 2026

Some Aspects of Remote State Restoring in State Transfer Governed by XXZ-Hamiltonian

Bochkin G., Doronin S., Fel’dman E. et al., Lobachevskii Journal of Mathematics 2024 Vol. 45 No. 3 P. 1188–1207

We consider the remote state restoring and perfect transfer of the zero-order coherence matrix (PTZ) in a spin system governed by the XXZ-Hamiltonian conserving the excitation number. The restoring tool is represented by several nonzero Larmor frequencies in the Hamiltonian. To simplify the analysis we use two approximating models including either step-wise or pulse-type time-dependence ...

Added: September 14, 2026

Coherence restoring in communication line via controlled interaction with environment

Fel’dman E. B., Lazarev I., Pechen A. N. et al., Quantum Information Processing 2026 Vol. 25 Article 121

We consider the state-restoring protocol based on the controlled interaction of a linear chain with environment through incoherent control by the specially adjusted step-wise time-dependent Lindblad operators. We show that the best restoring result (maximal scale factors in the restored state) corresponds to the symmetrical Lindblad equation. (0, 1)-excitation dynamics is considered numerically, and restoring ...

Added: September 14, 2026

Macroscopic entanglement distribution with atomic ensembles

Li S., Hu J., Lazarev I. et al., Annals of Physics 2026 Vol. 494 Article 170618

The distribution of entanglement is a crucial task for quantum communication towards realizing a globe-spanning quantum internet. Recently, a protocol for deterministic long-distance distribution of macroscopic entanglement over a network of ensembles of qubits was introduced (Pyrkov et al., 2025). It was shown that this protocol allows for the propagation of macroscopic amounts of entanglement ...

Added: September 14, 2026

Quantum Repeater Protocol for Deterministic Distribution of Macroscopic Entanglement, Advanced Quantum Technologies

Pyrkov A., Lazarev I., Byrnes T., Advanced Quantum Technologies 2025 Article 2400524

Distributing long-distance entanglement is a fundamental goal that is necessary for a variety of tasks such as quantum communication, distributed quantum computing, and quantum metrology. Currently quantum repeater schemes typically aim to distribute one ebit at a time, the equivalent of one Bell pair's worth of entanglement. Here, a scheme is presented to distribute a ...

Added: September 14, 2026

Hybrid quantum-classical unsupervised data clustering based on the self-organizing feature map

I. D. Lazarev, Narozniak M., Byrnes T. et al., Physical Review A: Atomic, Molecular, and Optical physics 2025 Vol. 111 No. 012416 Article 012416

Unsupervised machine learning is one of the main techniques employed in artificial intelligence. We introduce an algorithm for quantum-assisted unsupervised data clustering using the self-organizing feature map, a type of artificial neural network. The complexity of our algorithm scales as 𝑂⁡(𝐿⁢𝑁), in comparison to the classical case which scales as 𝑂⁡(𝐿⁢𝑀⁢𝑁), where 𝑁 is the ...

Added: September 14, 2026

Mixing of real and quantum gases

Борщевский А. Я., Physical Chemistry Chemical Physics 2025 Vol. 27 No. 9 P. 4793–4803

Through the consistent application of quantum statistical thermodynamics, functions of isothermal mixing of real rarefied gases and quantum gases in states of varying degrees of degeneracy are obtained. The reasons for the emergence and resolution of the “Gibbs paradox” and other “paradoxes” are analyzed. Numerical calculations of entropy and pressure jumps were performed using the ...

Added: September 14, 2026

Разработка методик на основе айтрекинга для диагностики когнитивных функций у детей

Ребрейкина А. Б., Liaukovich K., Современная зарубежная психология 2024 Т. 13 № 2 С. 33–43

Создание методик диагностики на основе анализа движений глаз является особенно актуальным для оценки когнитивных функций у детей, которые не могут дать речевой или моторный ответ в силу своего возраста или из-за нарушений развития. Для таких детей использование объективных методов оценки когнитивных функций на основе айтрекинга может стать полезным диагностическим инструментом, дополняющим традиционные поведенческие опросники и ...

Added: September 8, 2026

Развитие когнитивных функций детей с помощью методик, использующих видеоокулографию

Ребрейкина А. Б., Liaukovich K., Современная зарубежная психология 2023 Т. 12 № 4 С. 51–61

Активное развитие метода видеоокулографии, т. е. регистрации движений глаз, создает возможности для создания новых подходов для развития когнитивных функций и обучения. Методики, основанные на видеоокулографии, могут быть полезны не только для детей с серьезными нарушениями моторных функций, но и детей с нарушениями развития когнитивных функций, прежде всего внимания, так как контроль движений глаз тесно связан ...

Added: September 8, 2026

Mean Pairwise Distances in Rouse Polymer Subject to Fast Loop Extrusion

Nikitin I., Masnev N., Belan S., JETP Letters 2025 Vol. 122 No. 1 P. 65–70

We consider a model of a Rouse polymer extended by the mechanism of active loop extrusion. The model is based on a kinetic equation that is valid provided that the extrusion rate is high enough and the resulting loop ensemble is sufficiently sparse. Within the one-loop approximation of diagrammatic calculations, a semi-analytical method for determining ...

Added: February 16, 2026

Биология для студентов-медиков: общая биология, молекулярная биология, генетика

Лобаева Т. А., Смирнова К. В., Жданов Д. Д. et al., М.: ООО "Ваш формат", 2024.

Биология для студентов-медиков: общая биология, молекулярная биология, генетика В сборнике приводится краткое теоретическое введение к каждому разделу, даны основные термины и понятия дисциплины, собраны тематические задания различного уровня сложности по 8 темам биологии, включая ситуационные, расчетные, практико-ориентированные, клинические и другие типы задач и упражнений, характерные для использования в образовательном процессе студентов-медиков. Пособие соответствует требованиям ФГОС ВО ...

Added: March 11, 2024

Профессиональная учебная практика: I курс : Учебно-методическое пособие для студентов и преподавателей - 2-е изд., испр.

Knyazev E., Чеботарева О. Е., М.: Издательский дом НИУ ВШЭ, 2023.

В пособии кратко изложены теоретические и практические аспекты первичных навыков, необходимых для работы в биологической лаборатории, а также приведены протоколы практических занятий в рамках профессиональной учебной практики (ознакомительной) I курса бакалаврской программы «Клеточная и молекулярная биотехнология» факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ. Учебно-методическое пособие предназначено для студентов и преподавателей факультета биологии и биотехнологии НИУ ВШЭ и ...

Added: March 11, 2024

Профессиональная учебная практика: I курс: Учебно-методическое пособие для студентов и преподавателей

М.: Издательский дом НИУ ВШЭ, 2023.

Added: February 9, 2024

Crumpled polymer with loops recapitulates key features of chromosome organization

Polovnikov K., Brandão H., Belan S. et al., Physical Review X 2023 Vol. 13 No. 4 Article 041029

Chromosomes are exceedingly long topologically constrained polymers compacted in a cell nucleus. We recently suggested that chromosomes are organized into loops by an active process of loop extrusion. Yet loops remain elusive to direct observations in living cells; detection and characterization of myriads of such loops is a major challenge. The lack of a tractable ...

Added: January 29, 2024

История генетического кода как генеалогия будущего. Размышления о книге Лили Кей «Кто написал Книгу Жизни?»

Kuzin I., В кн.: МЕТОД: Московский ежегодник трудов из обществоведческих дисциплинВып. 11: Вслед за Дарвином. Эволюция знания об эволюции и самого феномена развития.: М.: ИНИОН РАН, 2021. С. 406–421.

This article examines the prospects for the ideas outlined in the monograph by Lily E. Kay «Who Wrote the Book of Life? History of the Genetic Code». Firstly, it is argued that this book is an important contribution to the cultural history of science. L.E. Kay connects the formation of molecular biology in the mid ...

Added: November 1, 2022

Conference proceedings 3rd International Conference Volga Neuroscience Meeting 2021

Nizhny Novgorod: Lobachevsky State University of Nizhny Novgorod (UNN), 2021.

Leading scientists from all over the world will meet together to discuss topical problems in the field of neuroscience and artificial intelligence. ...

Added: May 4, 2022