• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома

С. 1-3.
Маткаримов О. О., Поливода Д. Э., Попцова М. С.

Технологии секвенирования следующего поколения сделали возможным картирование множества функциональных элементов генома. Так, стало возможным определение расположения эпигенетических факторов, включая метилирование, модификации гистонов, места открытого хроматина, регуляторной РНК, а также места связывания транскрипционных факторов и других важных белков. Данные, генерируемые в результате NGS-экспериментов, хранятся на сайтах проектов в открытом доступе, обычно в формате bed-файлов. Актуальной является задача поиска взаимосвязей между различными функциональными аннотациями генома, как экспериментальными, так и теоретическими. Существующие программы поиска паттернов имеют существенные ограничения. большинство реализовано для работы в системе юникс, графический интерфейс отсутствует, а сами программы сложны в использовании. В данной работе мы представляем программу, запускаемую в браузере в любой операционной системе, с пользовательским графическим интерфейсом, которая принимает на вход два файла геномной аннотации в формате .bed, визуализирует распределение функциональных элементов в виде плотностей на уровне хромосомы и осуществляет поиск паттернов ассоциации между двумя исследуемыми геномными элементами. Найденные паттерны визуализируются, и информация об их расположении выдается в виде списка. Данная программа предназначается для решения широкого класса биоиформатических задач поиска паттернов ассоциации между различными функциональными аннотациями генома.

В книге

Т. 7. Пущино: Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2018.