• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

Глава

DNAStructProfiler: автоматизированное построение профилей консервативности вторичных структур ДНК/РНК

С. 134-135.
Попцова М. С., Гречишникова Д.

До сих пор нет программных средств в открытом доступе, которые бы сравнивали последовательности на уровне вторичной структуры, так как методы сравнения и визуализации требуют дальнейшего развития. Мы разработали программное средство, DNAStructProfiler, которое позволяет исследователям обнаруживать консервативные позиции вторичных структур ДНК/РНК, такие как структуры стебель-петля, квадруплексы, триплексная ДНК, и любые другие структуры. Программный пакет с открытым кодом находится в открытом доступе на сайте по адресу www.dnapunctuation.org/DNAStructProfiler.html. Функциональность разработанного программного продукта рассматривается на примере поиска консервативных позиций структур стебель-петля транспозонов L1, самого распространенного семейства транспозонов в геноме человека.

В книге

М.: Государственное учреждение Институт математических проблем биологии РАН, 2016.