?
Temperature-sensitive gating of TRPV1 channel as probed by atomistic simulations of its trans- and juxtamembrane domains
Scientific Reports. 2016. Vol. 6. P. 33112.
Приоритетные направления:
компьютерно-математическое
Язык:
английский
Nadezhdin K., Neuberger A., Trofimov Y. и др., Nature Structural and Molecular Biology 2021 Vol. 28 P. 564-572
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Нольде Д. Е., Крылов Н. А., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 7 № 4 С. 157-161
На примере программного пакета Gromacs проведено исследование скорости расчета
классической молекулярной динамики на различных компьютерных системах: настольных компьютерах,
кластеров на основе процессоров x86_64, многоядерных процессоров архитектуры MIC, а также
гетерогенных систем с использованием «игровых» видеокарт или графических ускорителей. Рассмотрен
вопрос выбора оптимальной платформы для проведения расчетов молекулярной динамики. ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Berkut A., Чугунов А. О., Mineev K. и др., Journal of biological chemistry 2019 Vol. 294(48) P. 18349-18359
Tk-hefu is an artificial peptide designed based on the α-hairpinin scaffold, which selectively blocks voltage-gated potassium channels Kv1.3. Here we present its spatial structure resolved by NMR spectroscopy and analyze its interaction with channels using computer modeling. We apply protein surface topography to suggest mutations and increase Tk-hefu affinity to the Kv1.3 channel isoform. We ...
Добавлено: 21 октября 2019 г.
Volynsky P. E., Nolde D.E., Zakharova G. S. и др., Scientific Reports 2019 Vol. 9 P. 413
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Крылов Н. А., Ефремов Р. Г., BMC Research Notes 2021 Vol. 14 Article 124
Добавлено: 24 августа 2021 г.
Панина И. С., Крылов Н. А., Нольде Д. Е. и др., Scientific Reports 2020 Vol. 10 Article 8821
Добавлено: 1 июня 2020 г.
Стройлов В. С., Панова М. А., Тоукач Ф. В., International Journal of Molecular Sciences 2020 Vol. 21 No. 20 Article 7626
Добавлено: 31 января 2022 г.
Панина И. С., Чугунов А. О., Нольде Д. Е. и др., FEBS Open Bio 2021 Vol. 11 No. Suppl.1 P. 356-356
Given the challenge of global antibiotic resistance, the development of new medications is indispensable. Lipid II - bacterial cell wall precursor – is a promising pharmaceutical target for innovative antibiotics, whereas lantibiotic nisin, effectively capturing lipid II’s conservative pyrophosphate group, is a potential prototype of a new generation of antibiotics. Because the structure of membrane-bound ...
Добавлено: 31 августа 2021 г.
Крылов Н. А., Нольде Д. Е., Телегин П. Н. и др., Труды НИИСИ РАН 2018 Т. 8 № 6 С. 74-78
Проведено исследование производительности 2-х алгоритмов обработки результатов
молекулярной динамики (МД): расчета радиальной функции распределения (RDF) и расчета энергии на
современных вычислительных платформах. Показано, что оба алгоритма эффективно распараллеливаются
как на системах с общей памятью, так и на кластерах с распределенной памятью. Для обработки результатов
МД систем среднего размера эффективность распараллеливания расчета RDF близка к 1 в диапазоне до 100
ядер, ...
Добавлено: 10 февраля 2020 г.
Коншина А. Г., Дубовский П. В., Ефремов Р. Г., Journal of Chemical Information and Modeling 2021 Vol. 61 No. 1 P. 385-399
Добавлено: 24 января 2021 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Добавлено: 24 октября 2022 г.
Panina I. S., Чугунов А. О., Ефремов Р. Г., Russian Journal of Bioorganic Chemistry 2018 Vol. 44 No. 6 P. 653-664
Ввиду нарастающей проблемы антибиотикорезистентности в медицине, большое внимание уделяется антимикробным веществам, действующим на небелковые молекулы, устроенные более консервативно, чем белки. Одной из наиболее перспективных и изученных таких мишеней является компонент биосинтетического пути формирования бактериальной клеточной стенки — липид II, который присутствует только в мембране бактерий и имеет консервативную химическую структуру. Существуют несколько классов природных антибиотиков, ...
Добавлено: 25 февраля 2019 г.
Verfaillie A., Светличный Д. В., Imrichova H. и др., Genome Research 2016
Добавлено: 22 октября 2018 г.
В статье представлена технология, позволяющая собирать в полевых исследованиях пространственно локализованные данные об объектах городской среды. Технология основана на автоматической привязке фотографий к пространственным координатам. Приведен план полевых и камеральных мероприятий, предложены варианты ГИС-обработки собираемых таким образом данных. В качестве примера приведены данные об использовании белорусского языка в общественном пространстве городов Белоруссии. ...
Добавлено: 12 апреля 2015 г.
M. : HSE, 2013
Human reasoning uses to distinguish things that do change and things do not. The latter are commonly expressed in the reasoning as objects, which may represent classes or instances, and classes being further divided into concept types and relation types. These became the main issue of knowledge engineering and have been well tractable by computer. ...
Добавлено: 27 октября 2013 г.
Красноярск : ИВМ СО РАН, 2013
Труды Пятой Международной конференции «Системный анализ и информационные технологии» САИТ-2013 (19–25 сентября 2013 г., г.Красноярск, Россия): ...
Добавлено: 18 ноября 2013 г.
Сорокин К. С., Айзенберг А. А., Анохин К. В. и др., / Cornell University. Series Computer Science "arxiv.org". 2022.
Добавлено: 17 ноября 2022 г.
Ижевск : Ижевский институт компьютерных исследований, 2017
Процессы трансформации энергии и регуляции этих процессов при изменении характеристик внешней и внутренней среды лежат в основе устойчивого существования всех живых систем. Монография содержит главы, посвященные физико-химическим механизмам регуляции процессов на молекулярном, субклеточном и клеточном уровнях. В книге описаны результаты последних достижений отечественной науки в области фолдинга белка (Финкельштейн и др.), молекулярных основ взаимодействия белков ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Voronova L.I., Trunov A. S., Voronov V.I., International journal of experimental education 2013 No. 12 P. 82-91
The model of distributed calculators makes it possible a parallel calculation of the correlated N-particle system with a complex multi-particle interaction (long-range ionic and short-range repulsive, two- and three-particle covalent interactions) with MPI and CUDA technologies. The computational model is based on the mathematical model of heterogeneous descriptors developed by the authors, that allows shift ...
Добавлено: 15 ноября 2013 г.
Рябенко Е.А., Математическая биология и биоинформатика 2012 Т. 7 № 2 С. 554-566
Рассматривается нелинейная модель данных ДНК-микрочипов, в которой интенсивность флуоресценции проб описывается функцией Лэнгмюра. Разработан метод настройки параметров модели на основе общедоступных данных нескольких тысяч экспериментов, основанный на минимизации функции потерь из класса AB-дивергенций; для выбора оптимальных значений гиперпараметров проведены численные эксперименты. Полученная модель описывает интенсивности флуоресценции проб микрочипа точнее стандартной линейной, а полученные на её ...
Добавлено: 14 октября 2016 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
[б.и.], 2019
. ...
Добавлено: 15 января 2020 г.
Нерсисян С. А., Галатенко А. В., Галатенко В. В. и др., Plos One 2021 Vol. 16 No. 4 Article e0249424
Добавлено: 10 мая 2021 г.