Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations

Bragin P. E.; Kuznetsov A.S.; Bocharova O. V.; Volynsky P. E.; Arseniev A. S.; Efremov R.G.; Mineev K. S.

doi:10.1016/j.bbamem.2018.09.013

Публикации

?

Probing the effect of membrane contents on transmembrane protein-protein interaction using solution NMR and computer simulations

Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes. 2018. Vol. 1860. No. 12. P. 2486–2498.

Bragin P. E., Kuznetsov A.S., Bocharova O. V., Volynsky P. E., Arseniev A. S., Efremov R.G., Mineev K. S.

Научное направление: Биология Физика

Приоритетные направления: компьютерно-математическое

Язык: английский

Полный текст

DOI

Текст на другом сайте

Ключевые слова: молекулярно-динамическое моделирование molecular dynamics cell membranes клеточные мембраны nuclear magnetic resonance ядерный магнитный резонанс transmembrane domain трансмембранный домен receptor tyrosine kinase рецепторная тирозинкиназа

ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:

Атомистическое многомасштабное моделирование свойств и процессов в материалах и живых системах; анализ эффективности новых суперкомпьютерных технологий (2018)

Natural hazard database from Internet publications: text mining with a large language model

Деркачева А. А., Сакиркина М. А., Краев Г. Н. и др., /. 2026.

Добавлено: 28 апреля 2026 г.

An Approximate Method for Calculating Kinetic Coefficients of Heavy Ions in He-Containing Mixtures in a Strong Electric Field

Пономарев А. А., Александров Н. Л., Plasma Physics Reports 2026 Vol. 52 No. 3 P. 367–378

Добавлено: 27 апреля 2026 г.

Influence of the Normal Magnetic Component to Magnetotail Current Sheet Forma

Domrin V. I., Malova H. V., V. Yu. Popov и др., Cosmic Research 2026 Vol. 64 No. 2 P. 238–252

Добавлено: 27 апреля 2026 г.

Asymmetric Equilibrium Structures of Superthin Current Sheets: The Asymmetry of Plasma Sources

Tsareva O. O., Malova H. V., V. Yu. Popov и др., Plasma Physics Reports 2026 Vol. 52 No. 2 P. 179–185

Добавлено: 27 апреля 2026 г.

Особенности генерации квазипериодических ОНЧ-излучений с существенной частотной динамикой внутри плазмосферы

П.А.Беспалов, О.Н. Савина, Геомагнетизм и аэрономия 2025 Т. 65 № 5 С. 620–628

Рассмотрены несколько базовых моделей частотной динамики в квазипериодических ОНЧ-излучениях с периодами повторения спектральных форм от 10 до 300 с. Во всех случаях речь идет о проявлениях циклотронной неустойчивости электронных радиационных поясов, которые хорошо описываются в рамках теории плазменного магнитосферного мазера, основанной на усредненной самосогласованной системе квазилинейных уравнений для частиц и волн. Не очень четкие спектральные элементы характерны для QP-всплесков, представляющих ...

Добавлено: 25 апреля 2026 г.

Modeling of Influence of a Thin Dielectric Film at a Fraction of Cathode Surface on Transition of a Glow Gas Discharge into an Arc Discharge

Bondarenko G.G., Fisher M. R., Kristya V. I., Bulletin of the Russian Academy of Sciences: Physics 2026 Vol. 90 No. 4 P. 572–576

Добавлено: 25 апреля 2026 г.

Multimodal EEG, ECG, and video dataset of yoga practitioners during concentration and mind-wandering tasks

Kashevnik A., Glekler E., Артёменко Е. Д. и др., Scientific data 2026 Article 7209

Добавлено: 23 апреля 2026 г.

Stable Multi-Wavelength Resonant Metal-dielectric Hybrid Nanostructure in the Infrared Range

Задков В. Н., Plasmonics 2026 Vol. 21 P. 1503–1512

Добавлено: 22 апреля 2026 г.

Rapid synthesis of redox-responsive trithiocyanuric acid-based nanocarriers: in vitro multidrug resistance reversal and In vivo safety assessment

Kopoleva E., Sergey A. Tsymbal, Кучур О. А. и др., Drug Delivery and Translational Research 2026 P. 1–16

Добавлено: 20 апреля 2026 г.

Cross-influence of two societies in deterministic evolutionary game

Щур Л. Н., Antonov D., Burovski E., International Journal of Bifurcation and Chaos in Applied Sciences and Engineering 2026 P. 1–9

Добавлено: 20 апреля 2026 г.

Ising models on the hydrogen peroxide and other lattices

Qin X., Deng Y., Щур Л. Н. и др., / Series arXiv "math". 2026. No. 2603.02962.

Добавлено: 20 апреля 2026 г.

Algorithmic overlaps as thermodynamic variables: from local to cluster Monte Carlo dynamics in critical phenomena

Пиле Я. Э., Deng Y., Щур Л. Н., / Series arXiv "math". 2026. No. 2604.10254.

Добавлено: 20 апреля 2026 г.

Функциональные признаки листьев и экологические стратегии важны для формирования растительных сообществ субальпийских болот и высокотравья

G.V.Klink, Gulov D. M., Elumeeva T. G. и др., Журнал общей биологии 2024 Т. 85 № 2 С. 83–94

Функциональные признаки растений важны для формирования состава растительных сообществ и доминирования в них. Сравнение средних значений признаков у организмов внутри сообщества с таковым для случайных выборок местной биоты позволяет оценить значимость признака для формирования состава сообществ. Сравнение средних и средневзвешенных значений признаков позволяет оценить их роль для доминирования в том или ином сообществе. Мы исследовали ...

Добавлено: 19 апреля 2026 г.

The partitioning of mobile fractions of chemical elements in the mineral loamy soils during natural regeneration after plowing in Western Russia

G.V.Klink, Semenkov I. N., Enchilik P. R., Science of the Total Environment 2025 Vol. 998 Article 180219

Добавлено: 19 апреля 2026 г.

Theory of capillary-induced self-coacervation in zwitterionic polymer solutions

Каликин Н. Н., Брандышев П. Е., Будков Ю. А., Journal of Chemical Physics 2026 Vol. 164 Article 154904

Добавлено: 18 апреля 2026 г.

Using predefined vector systems to speed up neural network multimillion class classification

Gabdullin N., Андросов И. А., / Series Computer Science "arxiv.org". 2026.

Добавлено: 2 апреля 2026 г.

Iterative Ricci-Foster Curvature Flow with GMM-Based Edge Pruning: A Novel Approach to Community Detection

Сорокин К. С., Бекетов М. Е., Онучин А. и др., / arxiv.org. Серия cs.SI "Social and Information Networks ". 2025.

Обнаружение сообществ в сложных сетях — фундаментальная проблема, открытая для новых подходов в различных научных областях. Мы представляем новый метод обнаружения сообществ, основанный на потоке Риччи на графах. Наша техника итеративно обновляет веса ребер (их метрические длины) в соответствии с их (комбинаторной) версией кривизны Риччи Фостера, вычисленной на основе эффективного расстояния сопротивления между узлами. Известно, ...

Добавлено: 15 января 2026 г.

Implementing Transport Coding in OMNeT++ for Message Delay Reduction

Петрованов И. С., Сергеев А. В., / Series Computer Science "arxiv.org". 2025. No. 2512.18332.

Добавлено: 24 декабря 2025 г.

Hessian-based lightweight neural network for brain vessel segmentation on a minimal training dataset

Меньшиков И. А., Бернадотт А. К., Елфимов Н. С., / Series arXie "Statistical mechanics". 2025.

Добавлено: 1 декабря 2025 г.

Assessing the Effects of Chemical Composition and Short-Range Ordering on the Tensile Deformation Behavior of Nanocrystalline High-Entropy Alloys Nb–Ta–Hf–Zr: A Combined Study on Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulation

Babicheva R., Kumar A., Kiran R. и др., Metallurgical and Materials Transactions A: Physical Metallurgy and Materials Science 2025 Vol. 56 P. 5646–5663

В работе проводятся моделирования методами Монте-Карло (МК) и молекулярной динамики (МД) для исследования тугоплавких высокоэнтропийных сплавов (ВЭС) на основе системы Nb–Ta–Hf–Zr. В частности, в рамках комбинированного МК/МД-моделирования релаксации, имитирующей диффузионные процессы, исследуется влияние химического состава и структуры границ зёрен (ГЗ) на короткодальний порядок (КДП) в монокристаллических и нанокристаллических (НК) ВЭС. Кроме того, с помощью МД-моделирования ...

Добавлено: 27 ноября 2025 г.

Determining the boundary of dynamical chaos in the generalized Chirikov map via machine learning

Чернышов Д. П., Сатанин А. М., Щур Л. Н., / Series arXiv "math". 2025.

Добавлено: 21 ноября 2025 г.

Эффективный алгоритм торговли на фондовом рынке: ретроспективный анализ, основанный на данных по S&P-500.

Рубчинский А. А., Чубарова Д. А., / Series WP7 "Математические методы анализа решений в экономике, бизнесе и политике". 2025. No. WP7/2025/01.

Добавлено: 9 ноября 2025 г.

Diverse Interactions of Sterols with Amyloid Precursor Protein Transmembrane Domain Can Shift Distribution Between Alternative Amyloid-β Production Cascades in Manner Dependent on Local Lipid Environment

Volynsky P., Urban A., Pavlov K. и др., International Journal of Molecular Sciences 2025 Vol. 26 No. 2 Article 553

Alzheimer’s disease (AD) pathogenesis is correlated with the membrane content of various lipid species, including cholesterol, whose interactions with amyloid precursor protein (APP) have been extensively explored. Amyloid-β peptides triggering AD are products of APP cleavage by secretases, which differ depending on the APP and secretase location relative to ordered or disordered membrane microdomains. We used high-resolution NMR to probe ...

Добавлено: 12 октября 2025 г.

Diffusion on language model embeddings for protein sequence generation

Мещанинов В. П., Strashnov, P., Shevtsov A. и др., / Cornell University. Серия CoRR, arXiv:2403.03726 "Computing Research Repository,". 2025.

Дизайн белков требует глубокого понимания присущей сложности «белкового вселенной». Хотя многие работы ориентируются на условную генерацию или сосредоточены на отдельных семействах белков, базовая задача безусловной генерации остаётся недостаточно изученной и недооценённой. В этой работе мы исследуем именно этот ключевой аспект и представляем DiMA — модель, которая использует непрерывную диффузию по эмбеддингам, полученным из языковой модели для белков ESM-2, ...

Добавлено: 5 октября 2025 г.