• A
  • A
  • A
  • АБB
  • АБB
  • АБB
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта
Найдено 979 публикаций
Сортировка:
по названию
по году
Статья
Sporn S., Hein T., Herrojo-Ruiz M. D. eLife. 2020. No. 9. P. 1-40.
Добавлено: 9 сентября 2020
Статья
Logvenkov S. A., Stein A. Biofizika. 2017. Vol. 62. No. 6. P. 926-934.

 

Предложена общая континуальная модель среды, составленной механически активными клетками. Среда считается состоящей из трех фаз; собственно клеток, внеклеточной жидкости и дополнительной фазой, отвечающей за активное силовое взаимодействие между клетками, которая, в частности, может соответствовать системе протрузий, обеспечивающих развитие активных стягивающих усилий. Деформация среды, отождествляемая с деформацией клеточной фазы, состоит из двух составляющих: упругой деформации отдельных клеток и клеточных переупаковок. Упругая деформация связана с напряжением в клеточной фазе. Шаровая составляющая тензора напряжений описывает нелинейное сопротивление клеточной фазы, обеспечивающее невозможность ее слишком большого сжатия. Уравнение состояния для давления в клеточной фазе принято в виде нелинейной зависимости от объемной плотности клеток. Переупаковка клеток рассматривается как течение, управляемое напряжениями в клеточной фазе, активными напряжениями и давлением жидкости. Тензор активных напряжений полагается шаровым и нелокально зависящим от плотности клеток. В предположении медленности процесса деформирования биологической ткани получена редуцированная модель, в которой пренебрегается упругими деформациями клеток по сравнению с неупругими. Проведен дисперсионный анализ устойчивости пространственно-однородного стационарного решения. Среди параметров, отвечающих за потерю устойчивости, присутствует гидростатическое давление жидкости, возрастание которого приводит к неустойчивости за счет составляющей силы межфазного взаимодействия, обусловленной этим давлением. Полученная модель используется для описания процесса образования полости в первоначально однородном клеточном сфероиде. Исследована роль локального и нелокального механизмов развития активных напряжений при формировании полости.

 

Добавлено: 30 декабря 2017
Статья
Butovskaya M., Lazebny O., Kulikov A. et al. Russian Journal of Genetics. 2020. Vol. 56. No. 9. P. 1118-1128.
Добавлено: 30 октября 2020
Статья
Marakhonov A., Sadovskaya N., Antonov I. et al. BMC Genomics. 2014. Vol. 15. No. 12. P. 1-15.
Добавлено: 19 марта 2021
Статья
Golubtsov P., Steinshamn S. I. Ecological Modelling. 2019. Vol. 392. P. 67-81.
Добавлено: 18 января 2019
Статья
Newberry R., Lupo A., Jensen A. et al. Atmospheric and Climate Science. 2016. No. 6. P. 375-393.

The spring-to-summer transition is of special importance in long range forecasting, as the general circulation transitions to a less energetic regime. This affects the Midwestern United States in a profound way, since agriculture is very sensitive to the variability of weather and climate. Beginning at the local scale, surface temperature observations are used from a representative station in the West Central Missouri Plains region in order to identify the shift from late spring to early summer. Using upper-air re-analyses as a supplement, the 500-mb height observations are examined to find a spring-to-summer transition date by tracking the location of a representative contour. Each of these is used to identify spring-to-summer transition date and then statistical analysis is performed on this long-term data set. Finally, teleconnections, specifically the influence of El Niño Southern Oscillation (ENSO) and Pacific Decadal Oscillation (PDO), and blocking are examined in order to quantify interannual variability. It was found that examining these criteria, developed in an earlier study that covered a much shorter time period, produced similar statistics to this 68-year study of spring-to-summer transitions. It was also found that the onset of La Niña was associated with hotter summers in the region, a result first found in the earlier study, but this association in much stronger here.

Добавлено: 8 февраля 2016
Статья
Zinoviev A. Paleontological Journal. 2009. Vol. 43. No. 4. P. 444-452.
Добавлено: 8 марта 2020
Статья
Kulikova S., Hertz-Pannier L., Dehaene-Lambertz G. et al. Plos One. 2016. P. 1-24.
Добавлено: 14 октября 2016
Статья
Mironov A., Denisov S., Gress A. et al. PLoS Computational Biology. 2021. Vol. 17. No. 4.
Добавлено: 7 июля 2021
Статья
Hollandi R., Diosdi A., Hollandi G. и др. Molecular Biology of the Cell. 2020. Т. 31. № 20. С. 2179-2186.

AnnotatorJ combines single-cell identification with deep learning and manual annotation. Cellular analysis quality depends on accurate and reliable detection and segmentation of cells so that the subsequent steps of analyses e.g. expression measurements may be carried out precisely and without bias. Deep learning has recently become a popular way of segmenting cells, performing unimaginably better than conventional methods. However, such deep learning applications may be trained on a large amount of annotated data to be able to match the highest expectations. High-quality annotations are unfortunately expensive as they require field experts to create them, and often cannot be shared outside the lab due to medical regulations.

We propose AnnotatorJ, an ImageJ plugin for the semi-automatic annotation of cells (or generally, objects of interest) on (not only) microscopy images in 2D that helps find the true contour of individual objects by applying U-Net-based pre-segmentation. The manual labour of hand-annotating cells can be significantly accelerated by using our tool. Thus, it enables users to create such datasets that could potentially increase the accuracy of state-of-the-art solutions, deep learning or otherwise, when used as training data.

Добавлено: 27 июля 2020
Статья
Tamm M., Nazarov L., Gavrilov A. et al. Physical Review Letters. 2015. Vol. 114. No. 17.

The fractal globule state is a popular model for describing chromatin packing in eukaryotic nuclei. Here we provide a scaling theory and dissipative particle dynamics computer simulation for the thermal motion of monomers in the fractal globule state. Simulations starting from different entanglement-free initial states show good convergence which provides evidence supporting the existence of a unique metastable fractal globule state. We show monomer motion in this state to be subdiffusive described by X2(t) ∼tαF with αF close to 0.4. This result is in good agreement with existing experimental data on the chromatin dynamics, which makes an additional argument in support of the fractal globule model of chromatin packing. © 2015 American Physical Society.

Добавлено: 3 сентября 2015
Статья
Pelinovsky E., Didenkulova I., Didenkulov O. Journal of Ocean Engineering and Marine Energy. 2015. Vol. 1. No. 2. P. 199-205.
Добавлено: 4 августа 2015
Статья
Polyansky A. Nucleic Acids Research. 2017. Vol. 45. No. 16. P. 9741-9759.
Добавлено: 26 ноября 2019
Статья
Dubovskii P. V., Ignatova A. A., Feofanov A. V. et al. Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters. 2020. Vol. 30. No. 3. P. 126890.
Добавлено: 21 августа 2020
Статья
Koval A. V., Vlasov P., Shichkova P. et al. Biochemical Pharmacology. 2014. Vol. 87. No. 4. P. 571-578.
Добавлено: 24 сентября 2015
Статья
Vladimir A. Korshun. Antiviral Research. 2019. Vol. 163. P. 117-124.
Добавлено: 8 ноября 2019
Статья
Vladimir A. Korshun. Antiviral Research. 2018. Vol. 149. P. 164-173.
Добавлено: 8 ноября 2019
Статья
Y G Vainer, Калмыков А. С., Melentiev P. N. et al. Laser Physics Letters. 2020. Vol. 17. No. 10. P. 105901.
Добавлено: 17 января 2021
Статья
Sharma V., Firth A., Antonov I. et al. Molecular Biology and Evolution. 2011. Vol. 28. No. 11. P. 3195-3211.
Добавлено: 19 марта 2021
Статья
Nikulin S., Knyazev E., Gerasimenko T. et al. Placenta. 2019. Vol. 83. P. e21.
Добавлено: 1 февраля 2021
Статья
Fedotova A. A., Kouprianov A. V. Евразиатский энтомологический журнал. 2016. Vol. 15. No. 4. P. 321-327.

Ранее публиковавшиеся биографические очерки о создателе теории фаз саранчи сэре Борисе Уварове, сэре Борисе Уварове, рыцаре-командоре ордена св. Михаила и св. Георгия и члене Лондонского королевского общества (1886 [sic] — 1970) были основаны главным образом на личных воспоминаниях его друзей и коллег, записанных в 1970 году или позднее. Архивные исследования обнаруживают подлинную дату его рождения и позволяют уточнить некоторые другие важные факты и даты его ранней биографии.

Добавлено: 5 сентября 2016