?
Specific refolding pathway of viscumin A chain in membrane-like medium reveals a possible mechanism of toxin entry into cell.
Scientific Reports. 2019. Vol. 9. No. 413. P. 1-12.
Язык:
английский
Ключевые слова: молекулярная динамикаmolecular dynamicsmolecular modelingprotein structureкомпьютерное молекулярное моделированиеsolvation effectsplant toxinsэффекты сольватацииструктура балкарастительные токсина
ПУБЛИКАЦИЯ ПОДГОТОВЛЕНА ПО РЕЗУЛЬТАТАМ ПРОЕКТА:
Aseev L. V., Chugunov A. O., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Bacteriology 2013 Vol. 195 No. 1 P. 95-104
Ribosomal protein S2 is an essential component of translation machinery, and its viable mutated variants conferring distinct
phenotypes serve as a valuable tool in studying the role of S2 in translation regulation. One of a few available rpsB mutants,
rpsB1, shows thermosensitivity and ensures enhanced expression of leaderless mRNAs. In this study, we identified the nature of ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Pyrkova D. V., Tarasova N. K., Крылов Н. А. и др., Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 2013 Vol. 31 No. 1 P. 87-95
Delineation and analysis of lateral clustering of lipids in model bilayers is an important step toward understanding of the physical processes underlying formation of lipid domains and rafts in cell membranes. Computer modeling methods represent a powerful tool to address the problem since they can detect clusters of only few lipid molecules – this issue ...
Добавлено: 14 ноября 2013 г.
Maurice P., Baud S., Bocharova O. и др., Scientific Reports 2016 Vol. 6 No. 38363 P. 1-19
Neuraminidase 1 (NEU1) is a lysosomal sialidase catalyzing the removal of terminal sialic acids from sialyloconjugates. A plasma membrane-bound NEU1 modulating a plethora of receptors by desialylation, has been consistently documented from the last ten years. Despite a growing interest of the scientific community to NEU1, its membrane organization is not understood and current structural ...
Добавлено: 15 марта 2017 г.
Volynsky P. E., Polyansky A. A., Fakhrutdinova G. N. и др., Journal of the american chemical society 2013 Vol. 135 No. 22 P. 8105-8108
Mutations in transmembrane (TM) domains of receptor tyrosine kinases are shown to cause a number of inherited diseases and cancer development. Here, we use a combined molecular modeling approach to understand molecular mechanism of effect of G370R and A391E mutations on dimerization of TM domains of human fibroblast growth factor receptor 3 (FGFR3). According to ...
Добавлено: 13 ноября 2013 г.
Добавлено: 11 октября 2019 г.
Backs A., Al-Falou A., Вагов А. В. и др., Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics 2023 Vol. 107 No. 17 Article 174527
In the vicinity of the type-I/type-II crossover in conventional superconductors, vortices exhibit a nonmonotonic interaction, which leads to exotic vortex matter states. We perform molecular dynamics simulations on a model superconductor in the intertype regime. In a field cooled approach, we examine the transition of a homogeneous vortex lattice (VL) into a structure consisting of ...
Добавлено: 2 ноября 2023 г.
Гритченко А. С., Eremchev I., Naumov A. и др., Optics and Laser Technology 2021 Vol. 143 Article 107301
Флуоресцентная визуализация одноквантовых излучателей света (атомов, молекул, квантовых точек, центров окраски в кристаллах) является неотъемлемой экспериментальной проблемой современной фотоники и ее многочисленных приложений. В этих измерениях использование высокочувствительных камер имеет ключевое значение. Последние достижения в технологиях связи заряда устройства (CCD) и металлооксидные полупроводниковые (CMOS) датчики открывают возможности для обнаружения сигналов очень низкой освещенности с точностью до счета одиночных фотонов. ...
Добавлено: 16 октября 2021 г.
Lohan S., Konshina A. G., Ефремов Р. Г. и др., Journal of Medicinal Chemistry 2023 Vol. 66 No. 1 P. 855-874
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
NY : Nova Science Publishers, Inc., 2017
In this book, the original papers have been collected that demonstrate the efficient use of the computer molecular dynamics (MD) simulation methods for the studying of nanoscale phenomena in the materials and life sciences. This volume contains the Proceedings of the International Symposium KSCMBS-2016 ”Khujand Symposium on Computational Materials and Biological Sciences” (10 th Japan–Russia ...
Добавлено: 14 ноября 2017 г.
Шайтан К. В., Шайтан А. К., Багров Д. В. и др., Наноструктуры. Математическая физика и моделирование 2013 Т. 9 № 2 С. 33-74
В работе рассматриваются свойства новых источников излучения – рентгеновских лазеров на свобод-ных электронах. Описаны характеристики создаваемых ими сверхмощных ультракоротких рентгеновских импульсов, особенности дифракционных экспериментов на этих приборах и новые возможности, откры-ваемые ими в области кристаллографии. В результате проведенного моделирования рассеяния импульсов, характерных для рентгеновских лазеров, на нанокристаллах биологических макромолекул, с учетом про-цессов радиационного повреждения образца, ...
Добавлено: 15 января 2014 г.
Gurina D., Будков Ю. А., Kiselev M. G., Journal of Physical Chemistry B 2020 Vol. 124 No. 38 P. 8410-8417
Добавлено: 16 сентября 2020 г.
Switzerland : Springer, 2020
Добавлено: 15 марта 2020 г.
Глушак А. А., Тарарушкин Е. В., Калиничев А. Г., Russian Journal of Physical Chemistry A 2022 Т. 96 № 4 С. 535-537
Представлены результаты компьютерного атомистического моделирования гидрокалюмита (цементная AFm-фаза) с анионами Cl– и I– в межслоевом пространстве как потенциального адсорбента радионуклидов 36Cl, 129I, 137Cs. Изучены как свойства самих кристаллов, так и взаимодействие водных растворов CsCl и CsI с поверхностью кристаллических фаз. Показано, что существует более сильная адсорбция анионов Cl– по сравнению с I– на поверхности гидрокалюмита, что можно объяснить различием ионных радиусов гидратированных ...
Добавлено: 16 мая 2022 г.
Loganathan N., Bowers G. M., Yazaydin A. O. и др., Journal of Physical Chemistry C 2018 Vol. 122 No. 8 P. 4391-4402
In situ XRD and NMR experiments combined with molecular dynamics simulations using the grand canonical ensemble (GCMD) show that cation size, charge and solvation energy play critical roles in determining the interlayer expansion of smectite clay minerals when exposed to dry supercritical CO2 under conditions relevant to the earth’s upper crust, petroleum reservoirs, and geological ...
Добавлено: 31 мая 2018 г.
Orekhov N. D., Стегайлов В. В., Carbon (the Netherlands) 2015 Vol. 87 P. 358-364
Добавлено: 15 марта 2017 г.
Reinholz H., Röpke G., Broda I. и др., Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics 2018 Vol. 51 No. 01-4001 P. 1-9
Добавлено: 4 декабря 2017 г.
Loganathan N., Bowers G. M., Yazaydin A. O. и др., Journal of Physical Chemistry C 2018 Vol. 122 No. 41 P. 23460-23469
The intercalation of H2O, CO2, and other fluid species in expandable clay minerals (smectites) may play a significant role in controlling the behavior of these species in geological C-sequestration and enhanced petroleum production and has been the subject of intensive study in recent years. This paper reports the results of a computational study of the ...
Добавлено: 20 октября 2018 г.
Belonoshko Anatoly B., Willman J., Williams A. и др., AIP Conference Proceedings 2020 Vol. 2272 No. 1 P. 070055-1-070055-5
Добавлено: 21 января 2021 г.
Bystryi R.G., Morozov I.V., Journal of Physics B: Atomic, Molecular and Optical Physics 2015 Vol. 48 No. 01-5401 P. 1-7
Ионизация наноразмерных металлических кластеров фемтосекундными лазерными импульсами умеренной интенсивности (10^12 – 10^14 Вт/см^2) приводит к созданию так называемой электрон-ионной наноплазмы, свойства которой существенным образом зависят от размера кластера. Колебания электронов в такой плазме важны для понимания резонансного поглощения лазерного излучения или создания методов экспериментальной диагностики динамики кластеров. В данной работе электронные колебания исследуются методом классической ...
Добавлено: 25 декабря 2014 г.
Дещеня В. И., Кондратюк Н. Д., Ланкин А. В. и др., Журнал физической химии 2022 Т. 96 № 3 С. 373-380
Для водного раствора сахарозы методом классической молекулярной динамики рассчитаны температурные зависимости плотности, а также коэффициентов вязкости и диффузии в диапазоне температур 273–343 K. Вычислен гидродинамический радиус молекулы сахарозы в водном растворе. Проведено сравнение полученных результатов с экспериментальными данными. ...
Добавлено: 24 октября 2022 г.
Bragin P. E., Kuznetsov A.S., Bocharova O. V. и др., Biochimica et Biophysica Acta - Biomembranes 2018 Vol. 1860 No. 12 P. 2486-2498
Добавлено: 25 сентября 2018 г.
Быстрый Р.Г., Лавриненко Я. С., Ланкин А. В. и др., Теплофизика высоких температур 2014 Т. 52 № 4 С. 494-503
Флуктуации давления в равновесной неидеальной плазме исследуются методом классической молекулярной динамики. Найдены параметры плазмы, при котороых функция распределения флуктуаций давления не является нормальной, но может быть аппроксимирована суммой двух нормальных распределений. Данный факт может служить указанием на наличие двух фазовых состояний и соответствующего плазменного фазового перехода. Электрон-ионное взаимодействие описывается кулоновским потенциалом, обрезанным на глубине потенциальной ...
Добавлено: 25 декабря 2014 г.
Panina I., Balandin S., Tsarev A. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 2 P. 1
Добавлено: 21 февраля 2023 г.
Goryacheva E., Ефремов Р. Г., Krylov N. и др., International Journal of Molecular Sciences 2023 Vol. 24 No. 7 Article 6403
Добавлено: 19 мая 2023 г.